微课制作有三个难题：内容选择、表现形式和组织方法。过去，人们一直在争论微课的概念、微课的方式、微课的特点以及微课的制作方法，但这三个问题仍然无法有效处理。许多微课作品都是以微课视频的方式呈现，就像老师在课堂上一样。

难题一：内容的选择难。

从学习者的学习需求和教师的培训目标去规划适合或需要的内容制作微课，首先应该从学生学习更困难的关键知识或可能遇到的障碍，微课内容的另一个问题：习惯或倾向把课程内容作为一个整体，课程内容与微课内容重叠，许多微观课程的内容是课程的主要课程内容，过于关注内容的逻辑和联系，从学习者的需求和使用习惯，微课的内容和问题，知识点越独立，学生就越有利于学习内容的独立选择，将其制作成独立的微课，更有利于学生的选择和使用。

难题二：内容表现形式难。

微课往往是以视频为主要表达形式，通过具体的图片和拍摄技术传递信息。虽然很多微课都是视频，但传递信息的主要方式仍然是文本，有些直接是文本说明，有的是配上照片，一般缺乏将文字加转换成图像的能力。

形式是吸引用户持续观看视频的基本要求，如果可以的话“声临其境”也可以增加原文内容的吸引力。

与文字相比，视频的优势在于具体形象、动态变化、时空转换，在讲解中可以进一步解读、推理、论证等一些问题。

难题三：微课组织结构难

微课只是一个视频文件，用视频很难了解学生的学习状态。

如果能以一定的方式组织几个微课，就可以为学生提供一个自主学习的环境。自主选择微课(视频)可以在学习中提出问题，为学习者提供测试，了解学生任务的完成情况。然而，目前没有令人满意的方法或平台来实现这些想法。

现在的微课制作，更多的意义是通过做微课了解一些技术应用技能，有时只是根据竞争要求，忽略了微课的实际价值，很多人做微课，没有真正用于教学，如果真的使用，自然会发现他们的设计和制作微课工作的问题和不足。